Un reciente informe elaborado por la Misión Civil de Observación documentó que la construcción del Tramo 5 del Tren Maya provocó daños permanentes en 125 cavidades subterráneas, entre cuevas y cenotes, al quedar fragmentadas y expuestas a posibles colapsos debido a la perforación del suelo kárstico y a la instalación de cerca de 15 mil pilas de acero y concreto.
El documento, que analiza los impactos del proyecto en los tramos 5, 6 y 7 en Quintana Roo y Campeche, señala que la obra modificó de manera significativa el sistema hidrológico subterráneo. Entre las afectaciones destacan la obstrucción de flujos de agua dulce, la contaminación de ríos subterráneos y la pérdida de conectividad ecológica por la deforestación y la apertura de nuevos caminos. Estas alteraciones han interrumpido corredores biológicos indispensables para especies como el jaguar, el tapir y el mono araña.
Según el reporte, las perforaciones realizadas para insertar las pilas alcanzaron cavidades de hasta 40 metros de profundidad. El uso de maquinaria pesada en un terreno poroso ocasionó daños directos en grutas y cuerpos de agua inundados. Espeleólogos que participaron en las inspecciones confirmaron que las vibraciones, el peso de la infraestructura y la presión de las cimentaciones representan un riesgo constante de colapso para estas formaciones naturales.
La intervención en la zona comprendida entre Cancún, Puerto Morelos, Solidaridad y Tulum alteró la dinámica del agua subterránea, modificando su circulación y generando bloqueos dentro de los sistemas acuíferos. La presencia de concreto en estas estructuras naturales también incrementa los riesgos de contaminación y afecta la manera en que el agua se filtra y se desplaza a través del subsuelo.
El informe concluye que las modificaciones hechas en esta región del Caribe mexicano han transformado de manera irreversible un ecosistema frágil, cuya estabilidad depende de la integridad de sus cuevas, cenotes y redes hidrológicas subterráneas.



